Le régime Dukan a été récemment épinglé par l'Agence nationale de santé sanitaire (ANSES) pour les risques de carences à long terme qu'il peut causer et leurs conséquences sur la santé des os, du coeur et des reins. En effet, les programmes amaigrissants, faibles en glucides et élevés en protéines, se distinguent par le manque de variété des aliments permis. Ils entraînent des carences qui peuvent mener à l'anémie, à un manque de calcium et à l'ostéoporose. Marie-Josée LeBlanc, nutritionniste de l'Université de Montréal, met en garde les personnes attirées par la perte de poids rapide que les régimes hyperprotéinés permettent d'obtenir : en plus de nuire à la santé, ils sont généralement suivis par la reprise de poids, dans des proportions parfois même supérieures aux kilos perdus.